不同学术期刊的网站的布局及功能千篇一律，有待优化及更新。就现有些学术期刊网站而言，大部分学术期刊网站的界面布局，功能模块、色彩风格均较为相近，可谓千篇一律。在以单一期刊形式进行网站运营的过程中，大部分学术期刊单位仅在纸质版本的基础上发布在线版本，对在线信息具备相同的影响。管理和更新常常被忽视，信息资源相对稀缺。尽管网站的数目较多，但其平均访问量并不高，因此学术期刊一般很难维持其传统品牌在互联网世界中的知名度。
除此以外，假如要使网站维持较高访问量，则应投入很多的人力、物力和财力，并且需要有足够的信息储备、优质的服务、优良的技术设施和人性化的网站管理。上述种种对传统学术期刊而言非常难达成。
同时，中国大部分学术期刊编辑和出版单位都使用在大型期刊网站上出版电子期刊的模式，甚至部分具备独立版权主页或独立网站的学术期刊也加入了大型期刊网站，这类网站一般可达成全文在线阅览，并提供收费或部分收费的阅读和下载等服务。期刊在加入大型网站的同时，也会同时将电子文档的管理权转交给期刊网站。
